Originariamente, concebido como convento franciscano, foi a 20 de outubro de 1634, que D. Fernando, Grão Prior do Priorado do Crato, deu autorização à sua edificação, situando-se, por decisão da Câmara Municipal, no lugar da Várzea Grande, junto à zona da Carvalha. Quando o convento se encontrou em situação habitável, para lá mudaram os primeiros frades, quatro no total. A igreja terá sido concluída entre 1643 e 1645, ao passo que o claustro começou a ser construído por volta de 1659. Ao longo dos seus quase 200 anos de vida como convento, conheceu um total de 27 provinciais e 42 guardiães, além de um número indeterminado de religiosos, que por ali passaram.